Кайто Куроба отправляет уведомление о краже в поезде. Его цель - крупный топаз "Мать кристаллов", принадлежащий империи Инграм. Королева Сэлизабет ранее уже мешала ему похитить камень и теперь прячет его в неизвестном месте. Молодой принц Филипп, стремясь заслужить одобрение матери, пытается самостоятельно поймать вора. В поезде также находятся детектив Эдогава Конан, инспектор Гинзо Накаморе и двое опасных преступников по имени Змея и Роза. Ситуация осложняется тем, что присутствие
События разворачиваются спустя продолжительное время после завершения первого фильма. Подразделение «9-й Отдел» продолжает функционировать в прежнем режиме. Киборгизированный сотрудник Бато и его напарник Тогуса получают задание расследовать серию убийств, совершенных прототипами гиноидов. Каждый из этих андроидов уничтожает себя сразу после совершения преступления, что затрудняет сбор улик и установление заказчика. В ходе расследования один из гиноидов, перед тем как активировать механизм