После победы над последним Ангелом, у Nerv остался единственный враг — люди под командованием Seele. Впавшему в депрессию нерешительному Синдзи Икари предстоит сделать важный выбор: полностью принять существование человечества или отказаться от человеческой индивидуальности. Параллельно, командующий Nerv Гэндо Икари готовится инициировать проект совершенствования человечества, используя Рей Аянами и Лилит для реализации своей заветной мечты. Судьба мира висит на волоске, приближается решающая
Мима Киригоэ, участница поп-группы «CHAM!», решает бросить карьеру певицы, чтобы попробовать себя в качестве актрисы. Некоторые её фанаты недовольны этим решением — в особенности невменяемый и начавший преследовать девушку парень, который называет себя Мэмания. По мере продвижения Мимы в новой карьере близкие ей люди погибают от рук жестокого убийцы, и вскоре Мима постепенно теряет способность отличать реальность от вымысла...
Три года прошло с момента окончания войны между юпитерианцами и землянами. Акито [天河 明人] и Юрика [御統 ユリカ] считаются погибшими в крушении шаттла, случившемся годом позже. Малышка Рури Хосино продолжает нести службу, но уже сама командуя Надэсико. Благодаря успешному изучению бозоновых прыжков была начата реализация «Плана Хисаго» — создание обширной сети порталов, окажись которая не в тех руках, и быть беде. Что и происходит, когда сеть внезапно оказывается захвачена террористами «Наследники
В 2100 году недавно построенный Бейсайд-Сити стал главным международным портом Японии. Компания Angel Arms основана бывшей женщиной-полицейским по имени Такако Хораидзи, чтобы помогать вести войну с терроризмом с помощью костюмов вооруженной охраны. Когда убивают мэра, женщины из "Ангельского оружия" в конечном итоге защищают злобного криминального авторитета Хасана в надежде, что его информация поможет уничтожить глобальную террористическую группировку. Такако прижата спиной к стене,