Шидо Ицука продолжает встречаться с духами, чтобы поддерживать их стабильное эмоциональное состояние. Однако из-за ограниченного времени он не может уделять каждому духу достаточное внимание. Это приводит к накоплению у них негативных эмоций, которые формируют сферу отрицательной энергии. Сфера увеличивается каждый раз, когда дух испытывает расстройство или недовольство поведением Шидо. Постепенное разрастание сферы создает угрозу для окружающего мира. Главный герой сталкивается с
Человечество почти полностью истреблено негуманоидной расой Гауна. Выжившие покинули Землю на кораблях-гигантах «Сидония». Корабли периодически останавливаются для пополнения ресурсов и продолжают путь в поисках нового места обитания. Угроза атак Гауна сохраняется, поэтому учёные разработали специализированное оружие, а военные прошли обучение для его применения. Нагатэ Таникадзэ жил на нижних уровнях одного из кораблей, почти не общаясь с другими людьми. Его опекуном был Хироки Сайто,