События разворачиваются в 2027 году, через год после завершения неядерной Четвертой мировой войны. В городе Ньюпорт происходит взрыв, в результате которого погибает крупный торговец оружием. Предполагается, что погибший мог иметь связи с таинственной организацией под номером 501. Официальный представитель службы общественной безопасности Дайсукэ Арамаки поручает расследование этого дела Мотоко Кусанаги, которая использует полное киберпротезирование тела и обладает навыками опытного хакера.