Прошёл год с тех пор, как Звёздные Силы спасли Землю, но из глубин космоса надвигается новая опасность. Гигантская Белая Комета несётся сквозь галактику, уничтожая всё на своём пути. Но это не обычная комета — это смертоносная Кометная Империя, покорительница миров... и Земля станет её следующей целью! Вопреки приказу, Звёздные Силы отправляются на разведку, но даже если им удастся прорваться мимо флагмана «Андромеда», они пока даже не подозревают об истинной природе своего нового врага!
В 1999 году корабль пришельцев терпит крушение на острове Южной Аталии — теперь человечество знает об иной жизни за пределами Земли. Десять лет спустя тот самый корабль перестроили и окрестили его SDF-1 Macross. Однако в день его первого полёта раса пришельцев, зовущихся зентреди, появляется на Земле, тем самым положив начало войне, которой суждено изменить историю обеих рас навсегда.
Мега-Токио, 2040 год. Вооруженные до зубов продвинутым и инновационным вооружением отряд «Рыцари сабли» ведёт скрытую войну с корпорацией «Геном». Сражаясь с лучшим детищем компании — биороботами и киборгами, которых прозвали «бумеры».
Через три недели после инцидента, в результате которого корабль Наполиполиты балансировал на вершине Гравитон-Сити, А-Ко и его банда отправляются на летние каникулы. В то время как A-Ko размышляет о том, чтобы немного похудеть, а B-Ko разрабатывает другой план, как победить свою рыжеволосую соперницу, чтобы выиграть C-Ko, Наполеолита и Spy-D испытывают сильную тоску по дому и умоляют найти способ вернуться на родную планету. Тем временем Хикари Дайтокудзи - отец Би-Ко и генеральный директор