Гигантский морской монстр, известный как "Драконсавр", появился из ниоткуда, наводя ужас на глубины океанов. Великий Мазингер, Грендайзер и команда Getter Robo G объединяют усилия для борьбы с новой угрозой. Но их задача усложняется, когда Драконсавр проглатывает Босса Борота и направляется в сторону Токио.
«Аркадия» — величественный линкор, созданный гениальным учёным, старым другом Харлока. Лучший корабль во Вселенной, способный в одиночку сражаться с целым флотом. Корабль, имеющий собственную волю, который может передвигаться сам по себе, не раз спасавший команду. Линкор «Аркадия», построенный лучшим другом капитана... Какой же таинственный секрет он в себе таит? Фильм является расширенной версией тринадцатого эпизода сериала под названием «Замок смерти океанской ведьмы».
Ангелы продолжают свои непрерывные атаки, а в Nerv появляются два новых пилота: пилот павшего в первом же бою [[Евангелиона-05]] Мари Илластриэс Макинами [真希波・マリ・イラストリアス] и пилот [[Евы-02]], а позже [[Евы-03]] Аска Лэнгли Сикинами [惣流・アスカ・ラングレー]. В то же время Гэндо Икари [碇 ゲンドウ] и Seele приступают к проекту совершенствования человечества, в котором задействованы Рей [綾波 レイ] с Синдзи [碇 シンジ] и загадочный мальчик Каору Нагиса.
Сказка из далёкого будущего о космическом периоде... Планета Маргация является центром торговли с оживленным космическим движением. Девушка по имени Лили [リリィ] заинтригована загадочной новой девочкой в их школе. Её зовут Хикари [ヒカリ], она того же возраста, но выглядит взрослее, по сравнению с другими учениками в их классе. Пока она лишь рассматривает Хикари со стороны. Лили может только смотреть на неё с расстояния, надеясь на возможность поговорить с ней. Однажды, странное существо, похожее на
2977 год. Человечество перестало развиваться. Все работы выполняются машинами, в то время как люди тратят всё своё время на развлечения. Когда таинственная инопланетная раса мазонов начинает вторжение, земное правительство не принимает попыток борьбы за независимость, и только легендарный космический пират капитан Харлок [キャプテン・ハーロック], вместе со своим экипажем и звездолётом «Аркадия», решает в одиночку вести борьбу против инопланетных агрессоров.