После завершения военного конфликта, в котором погибла значительная часть участников, правительство Земной Федерации подверглось реорганизации. Брайан Мидкрид, ранее занимавший пост председателя Объединённых Колоний, становится президентом объединённого правительства. На срочном заседании Федеративного парламента он делает публичное заявление о существовании внеземных форм жизни и раскрывает детали событий, связанных с военной кампанией «L5». Это выступление получает название «Токийская
Сатоми Амано - ученица старшей школы и дочь руководителя проекта в компании «Производитель Hoshima AI», которая занимается разработками в области искусственного интеллекта. Из-за статуса дочери высокопоставленного сотрудника Сатоми испытывает трудности в общении с одноклассниками и держится от них обособленно. Однажды утром перед школой Сатоми узнает о новом проекте матери: создании искусственного интеллекта, предназначенного для проверки возможности совместного существования роботов и людей.
После уничтожения гнезда над Галлией и установления факта, что Неврои могут общаться с людьми, отряды ведьм направляются к этому месту для налаживания контакта. Однако внезапная атака приводит к гибели всех Невроев в этом районе. Вскоре над Европой формируется новое крупное гнездо, которое начинает систематически атаковать позиции ведьм и их союзников, нанося значительный урон. Известия о нападениях доходят до Фусо, после чего формируется батальон поддержки для эвакуации выживших. В состав