Исчезновение Харухи Судзумии

Кион приходит в школу в холодный декабрьский день, ожидая очередной встречи с членами бригады SOS. Вместо привычной обстановки он обнаруживает, что ситуация кардинально изменилась: Харухи Судзумии и Ицуки Коидзуми нет, Микуру Асахина не узнает его, Юки Нагато стала обычным человеком, а Рёко Асакура таинственным образом вернулась. Кион, привыкший к сверхъестественным явлениям, обеспокоен этим странным поворотом событий и решает провести собственное расследование.

Он оказывается единственным, кто помнит прежнюю реальность. Перед ним встает выбор: принять обычную жизнь, о которой он всегда мечтал, или найти способ вернуть прежний хаотичный, но знакомый мир. Развитие событий зависит от его решения, которое определит дальнейшую судьбу как его самого, так и окружающих персонажей.