Микото Мисака и её друзья расследуют слухи, распространяющиеся по Академическому городу. В ходе поисков Микото обнаруживает, что в городе проводятся эксперименты, связанные с убийством тысяч эсперов. Выясняется, что эти эсперы являются клонами самой Микото, созданными в рамках секретной программы. Осознавая свою ответственность за их судьбу, она решает остановить эксперименты. Однако противостоящие ей силы оказываются более опасными, чем ожидалось, и Микото сталкивается с одними из самых мощных