История начинается с того, как мальчик по имени Такуя получает на свой телефон загадочное сообщение. Прочитав его, паренёк отправляется на станцию, указанную в тексте. Прибыв на место, Такуя попадает в очень странное место, где полным-полно детей и поездов. Сев на один из них, мальчик, вместе с ещё четырьмя людьми, отправляется в Цифровой мир, который им предстоит спасти. По пути они должны будут найти духов, при помощи которых друзья смогут превращаться в легендарных дигимонов. Однако враги

Пятеро детей оказываются на древнем острове после нападения врагов. Остров населён двумя типами дигимонов: звериным и человеческим. В этом месте, как и в остальном Цифровом мире, идёт война между этими группами за права и территории. Дети замечают, что один дигимон звериного типа и один человеческого типа смогли подружиться, несмотря на конфликт. Это наблюдение становится отправной точкой для их дальнейших действий. Друзья принимают решение прекратить междоусобицу, которая мешает обеим сторонам