Команда ниндзя из деревни Коноха в составе Наруто Удзумаки, Шикамару Нары и Сакуры Харуно получает задание поймать сбежавшее домашнее животное и доставить его в указанную деревню. В ходе выполнения миссии на группу совершают нападение неизвестные ниндзя, которыми руководит человек по имени Тэмуджин. Во время боя Наруто теряет связь с товарищами и оказывается отделённым от них. Он начинает поиски своей команды, попутно сталкиваясь со следами древней цивилизации, обладавшей силой, не связанной с