«Аркадия» — величественный линкор, созданный гениальным учёным, старым другом Харлока. Лучший корабль во Вселенной, способный в одиночку сражаться с целым флотом. Корабль, имеющий собственную волю, который может передвигаться сам по себе, не раз спасавший команду. Линкор «Аркадия», построенный лучшим другом капитана... Какой же таинственный секрет он в себе таит? Фильм является расширенной версией тринадцатого эпизода сериала под названием «Замок смерти океанской ведьмы».

Ангелы продолжают свои непрерывные атаки, а в Nerv появляются два новых пилота: пилот павшего в первом же бою [[Евангелиона-05]] Мари Илластриэс Макинами [真希波・マリ・イラストリアス] и пилот [[Евы-02]], а позже [[Евы-03]] Аска Лэнгли Сикинами [惣流・アスカ・ラングレー]. В то же время Гэндо Икари [碇 ゲンドウ] и Seele приступают к проекту совершенствования человечества, в котором задействованы Рей [綾波 レイ] с Синдзи [碇 シンジ] и загадочный мальчик Каору Нагиса.