2977 год. Человечество перестало развиваться. Все работы выполняются машинами, в то время как люди тратят всё своё время на развлечения. Когда таинственная инопланетная раса мазонов начинает вторжение, земное правительство не принимает попыток борьбы за независимость, и только легендарный космический пират капитан Харлок [キャプテン・ハーロック], вместе со своим экипажем и звездолётом «Аркадия», решает в одиночку вести борьбу против инопланетных агрессоров.
В июле 2008 года человечество столкнулось с угрозой вымирания: тектоническое оружие, намного более разрушительное, чем любой известный вид ядерного оружия, уничтожило половину планеты в мгновение ока. Тяжёлые землетрясения прошлись по поверхности Земли, планета слетела со своей оси, а пять континентов были разорваны на части и ушли под воду. Попытка немногочисленных выживших спастись в открытом космосе провалилась: космические корабли сошли с орбиты и упали на Землю. Вместе с кораблями исчезли