Четверо друзей детства - Юдзуки, Мацури, Ноно и Макото - встречаются в старом здании академии Мотицуки. Три года назад под деревом на территории школы они закопали капсулу времени и договорились встретиться снова ровно через три года. В назначенный день все четверо приходят на условленное место. Сюжет разворачивается вокруг их воссоединения и событий, связанных с возвращением к прошлым воспоминаниям. Каждый из персонажей имеет свою историю и причины, по которым согласился на эту встречу.

Микия Кокуто оказывает помощь девушке, испытывающей сильную боль в животе. В тот же период в городе обнаруживают несколько тел с признаками насильственной смерти. Характер повреждений вызывает сомнения в том, что преступления совершены человеком без сверхъестественных способностей. Сики Рёги высказывает предположение, что убийцей является спасенная Микией девушка по имени Фудзино Асагами. Она, подобно Сики, обладает особыми силами. Дальнейшие события связаны с проверкой этой версии и выяснением

События разворачиваются до основной серии «My-Otome». Главные героини - Лена Лена Сейерс, мать Арики Юмемии и бывшая носительница GEM «Возвышенный Багрянец» и «Небесный Сапфир», а также Сифр Фран, биологическая мать Нины Ванг и экс-королева Виндбломского королевства. В сюжете показано формирование организаций «Шварц» и «Асвад», а также создание академии Гардеробе с её Пятью Столпами. Развитие истории начинается с похищения Сифр неизвестными лицами. Это событие провоцирует мощное пробуждение GEM

В скрытой волшебной стране Генсокё живёт жрица Рейму Хакурей, которая следит за тем, чтобы инциденты с участием мифических существ, известных как ёкаи, случались как можно реже. По традиции святилища она устраивает ежегодное летнее празднество, на которое приглашает разнообразных гостей - от людей до самых сильных ёкаев. Утром в день праздника из святилища внезапно исчезает ящик для пожертвований, причём следов кражи не обнаруживается. Расследуя происшествие вместе с подругой Марисой Кирисаме и

Акари Мидзунаси, Айка С. Гранчеста и Алиса Кэррол продолжают обучение в Новой Венеции, чтобы получить статус ундин-прима - профессиональных гондольеров-гидов. С момента начала учебы прошло достаточно времени, и девушки освоили базовые навыки. Сейчас их задача - найти собственный стиль работы, который отличал бы их от других ундин. В этом процессе они опираются на опыт трех наставниц из разных компаний: Алисии Флоренс из «Арии», Акиры Э. Феррари из «Химэи» и Атэны Глори из «Оранжевой Планеты».