Действие разворачивается через десять лет после событий, когда человечество противостояло угрозе, исходившей от организации Доктора Хелла. Кодзи Кабуто, ранее пилотировавший робота Мазингер Зет, теперь занимается научной деятельностью, следуя примеру отца и деда. Его жизнь меняется, когда он обнаруживает неизвестную форму жизни, находящуюся в глубине горы Фудзи. Это открытие приводит к новой серии событий, затрагивающих судьбу человечества. Кодзи сталкивается с необходимостью принять решение,

Не Ли, вернувшись из экспедиции по исследованию руин, обнаруживает в городе присутствие членов Тёмной гильдии. Это наблюдение вызывает у него подозрения относительно их намерений. Для противодействия возможной угрозе он планирует обратиться за помощью к Ассоциации алхимиков, однако доступ к организации требует официального статуса. Чтобы получить его, Не Ли решает сдать экзамен по алхимии и стать полноправным членом ассоциации. Процесс подготовки к экзамену связан с изучением теоретических

Специальные эпизоды, включённые в Blu-Ray и DVD издания второго сезона аниме «Повелитель», представляют собой дополнительные материалы. В этих эпизодах основные персонажи изображены в тиби-стиле, то есть с уменьшенными пропорциями тела и увеличенной головой. Такой визуальный приём обычно используется для коротких юмористических сцен, не связанных с основным сюжетом. Содержание эпизодов сосредоточено на повседневных взаимодействиях персонажей, а не на развитии главной линии повествования.

Тан Сань, ученик школы боевых искусств Тан, похищает из секретной библиотеки древнее писание, чтобы изучить тайные техники. Он создает скрытое оружие «Лотос Будды», но мастера узнают об этом и начинают преследовать юношу. Не видя иного выхода, Тан Сань совершает самоубийство, прыгая с горы Адская Вершина. Вместо смерти он попадает в духовный мир, называемый Боевым Континентом. В этом мире основное значение имеет совершенствование боевых навыков, а целью является получение титула Мастера Духов.