Действие происходит в 2002 году, спустя три года после событий предыдущего фильма. Уничтожение Рабочей бригады Организации Объединённых Наций в Юго-Восточной Азии запускает цепочку событий, которая приводит к попытке военного переворота в Японии. Получив информацию о надвигающейся угрозе, члены Специального Мобильного Подразделения должны скооперироваться, чтобы защитить страну от надвигающейся опасности.

Феодальная Япония. Время опасности, интриг и лжи. Дзюбэй [牙神獣 兵衛] — ниндзя без хозяина, в одиночку путешествующий по миру. Он продаёт свои услуги тем, у кого есть деньги... или иная стоящая причина. Его устрашающие способности неплохо ему послужили, но коварный заговор по свержению правительства может положить конец странствиям Дзюбэя [牙神獣 兵衛], а, возможно, даже и его жизни. Когда небольшая деревня становится жертвой ужасной эпидемии, туда отправляют группу ниндзя для расследования, однако всё

В недалёком будущем роботы обрели самосознание. Под предводительством «Чёрного Короля» машины истребили большую часть человечества и покорили мир. Те, кому удалось пережить первую волну истребления, обречены на вечное рабство. Но даже в этих суровых условиях находится герой, готовый встать на защиту человечества. Это Кэшерн — существо, соединившее в себе человека и машину, чтобы до конца сражаться с Чёрным Королём и его армией.

Дайскэ Идо — врач и механик, который живёт и работает на постапокалиптической Свалке. Однажды где-то в глубинах Свалки он находит останки девушки-киборга. После того как он оживляет и перестраивает её, невероятно сильная, страдающая амнезией Гали начинает ковать свою жизнь в мире, где каждый день происходит борьба за жизнь. [i]Адаптация первых двух томов манги «Боевой ангел Алита».[/i]