Спустя сто лет после того, как на Землю вторглись инопланетяне, последние остатки человеческой расы обитают на подводных "Аквабазах". Команда из пяти женщин, обладающих кибернетическими способностями, проходит подготовку с целью проведения партизанских нападений на оккупационные силы. Последняя надежда Земли на спасение - это... Ангелы Вуги.

После победы над последним Ангелом, у Nerv остался единственный враг — люди под командованием Seele. Впавшему в депрессию нерешительному Синдзи Икари предстоит сделать важный выбор: полностью принять существование человечества или отказаться от человеческой индивидуальности. Параллельно, командующий Nerv Гэндо Икари готовится инициировать проект совершенствования человечества, используя Рей Аянами и Лилит для реализации своей заветной мечты. Судьба мира висит на волоске, приближается решающая