После событий второго сезона жизнь постепенно возвращается в привычное русло. Однако на экранах компьютеров, телевизоров, мобильных телефонов и игровых приставок по всей Японии начинает появляться знакомая иконка. Этот символ представляет собой цифрового монстра в форме медузы, известного как Диабломон. Данный вирус ранее был побеждён Ягами Таити и Исидой Ямато во втором фильме. Теперь Диабломон научился обретать физическую форму и отправляет в реальный мир тысячи своих копий, которые активно
Ре, студент из Японии, становится свидетелем убийства своего отца. После этого события он начинает самостоятельное расследование, чтобы установить личность убийцы и причины произошедшего. Его поиски связаны с выяснением обстоятельств преступления и сбором информации о возможных мотивах злоумышленника. В ходе расследования Ре сталкивается с рядом препятствий, включая неполные данные и противодействие со стороны третьих лиц. Ему приходится анализировать улики, опрашивать свидетелей и сопоставлять