События разворачиваются спустя продолжительное время после завершения первого фильма. Подразделение «9-й Отдел» продолжает функционировать в прежнем режиме. Киборгизированный сотрудник Бато и его напарник Тогуса получают задание расследовать серию убийств, совершенных прототипами гиноидов. Каждый из этих андроидов уничтожает себя сразу после совершения преступления, что затрудняет сбор улик и установление заказчика. В ходе расследования один из гиноидов, перед тем как активировать механизм
Рун Балот, главная героиня заключительной части трилогии, ставит перед собой задачу найти и наказать Шелла Септиноса и его преступный синдикат. Для этого она решает восстановить полную память, которая зашифрована в золотых фишках казино Шелла. Доступ к этим фишкам затруднен из-за сопротивления опытных дилеров и Димсдейла Бойлда, у которого есть личные претензии к Рун. Продвижение к цели требует от Рун преодоления ряда препятствий, связанных как с охраной казино, так и с действиями Димсдейла.
Действие происходит в альтернативной реальности, где после Второй мировой войны Япония разделена на две зоны оккупации. Хоккайдо перешел под контроль Союза, а Хонсю и южные острова находятся под управлением США. На территории Хоккайдо возведена высокая башня, видимая из Аомори, расположенной на севере Хонсю. Эта конструкция привлекает внимание местных жителей, но ее назначение остается неясным. Летом 1996 года три школьника - Саюри Саватари, Хироки Фудзисава и Такуя Сиракава - договариваются
Действие происходит в 2017 году по республиканскому календарю на территории Европы. Армия Союза Европейских республик, включая 132-ю дивизию, предпринимает попытку отбить Санкт-Петербург. Британские военные, получив сведения о наступлении, устраивают засаду в Нарве, в результате чего дивизия оказывается в окружении. Японское специальное подразделение «В-0», сформированное из военнослужащих так называемой Одиннадцатой зоны, получает задачу провести операцию по спасению блокированных сил. Успех