Призрак в доспехах 2: Невинность

События разворачиваются спустя продолжительное время после завершения первого фильма. Подразделение «9-й Отдел» продолжает функционировать в прежнем режиме. Киборгизированный сотрудник Бато и его напарник Тогуса получают задание расследовать серию убийств, совершенных прототипами гиноидов. Каждый из этих андроидов уничтожает себя сразу после совершения преступления, что затрудняет сбор улик и установление заказчика.

В ходе расследования один из гиноидов, перед тем как активировать механизм самоуничтожения, обращается к Бато с просьбой о помощи. Этот контакт становится отправной точкой для выяснения обстоятельств, связанных с исчезновением бывшего командира отряда Мотоко Кусанаги. Действия Бато и Тогусы постепенно раскрывают цепочку событий, ведущих к разгадке происхождения гиноидов и их связи с прошлым подразделения.