Непутёвый ученик в школе магии

В начале XXI века магия, ранее считавшаяся фольклором, стала систематизированной технологией и преподаётся как техническая дисциплина. В Первой старшей школе, учебном заведении для магов, учащихся делят на две группы на основе результатов вступительных экзаменов: «Цветы» с высокими баллами попадают на первый курс, а «Сорняки» - на второй, как резервные студенты.

Сюжет аниме «Нерегулярный в магической школе» сосредоточен на брате и сестре Тацуе и Миюки Сиба, которые учатся в Первой старшей школе. Миюки, показывая выдающиеся результаты на экзаменах, попадает на первый курс, тогда как Тацуя оказывается на втором. Несмотря на низкие практические баллы и статус «Сорняка», он обладает глубокими техническими знаниями, физической подготовкой и уникальными магическими приёмами. Эти способности делают Тацую нестандартным учеником в магической школе, что приводит к конфликтам и испытаниям в его учебной и социальной жизни.