Ниер: Автомата — Версия 1.1а. Часть 2

Человечество покинуло Землю и переселилось на Луну. Планета стала зоной боевых действий, где андроиды военного назначения сражаются с противником. Конфликт длится столетия и не имеет видимого завершения. Выжившие люди на Луне зависят от результатов этой войны.

Среди андроидов выделяются три персонажа: 9S, занимающийся разведкой и поиском информации, 2B, выполняющая боевые задачи, и A2, действующая автономно. Их цели различаются: 9S стремится найти ответы о природе войны, 2B следует установленным правилам, A2 ищет собственный путь. В процессе выполнения заданий их маршруты пересекаются, что влияет на ход событий. Вопрос о происхождении андроидов и их способности к эмоциям остаётся открытым на протяжении всего повествования.