Действие происходит в альтернативной реальности, где после Второй мировой войны Япония разделена на две зоны оккупации. Хоккайдо перешел под контроль Союза, а Хонсю и южные острова находятся под управлением США. На территории Хоккайдо возведена высокая башня, видимая из Аомори, расположенной на севере Хонсю. Эта конструкция привлекает внимание местных жителей, но ее назначение остается неясным. Летом 1996 года три школьника - Саюри Саватари, Хироки Фудзисава и Такуя Сиракава - договариваются

Хироко Мацуката работает журналисткой в еженедельном издании «Дзидай», тираж которого составляет 600 тысяч экземпляров. Её основная деятельность связана с подготовкой материалов к строгим редакционным срокам, что требует значительных временных и эмоциональных затрат. Параллельно с профессиональными обязанностями у Хироко начинаются отношения с молодым человеком, который также уделяет много времени работе. Это создаёт ситуацию, где ей приходится распределять ресурсы между карьерой и личной

Мальчик по имени Соскэ находит на берегу золотую рыбку и дает ей имя Поньо. Он забирает ее домой и начинает заботиться о ней. Вскоре он замечает, что рыбка обладает необычными способностями, которые проявляются в странных событиях вокруг нее. Отец Поньо, волшебник, живущий в морских глубинах, появляется и забирает рыбку обратно в океан. Поньо оказывается в заточении у отца, но ее желание стать человеком становится настолько сильным, что оно нарушает природный баланс. Это вызывает цунами,