Мальчик по имени Соскэ находит на берегу золотую рыбку и дает ей имя Поньо. Он забирает ее домой и начинает заботиться о ней. Вскоре он замечает, что рыбка обладает необычными способностями, которые проявляются в странных событиях вокруг нее. Отец Поньо, волшебник, живущий в морских глубинах, появляется и забирает рыбку обратно в океан. Поньо оказывается в заточении у отца, но ее желание стать человеком становится настолько сильным, что оно нарушает природный баланс. Это вызывает цунами,