Действие аниме происходит в Нео-Токио в 51 году галактической эры, которая берёт свой отсчёт с первой встречи землян с инопланетянами. Встреча эта вызвала резкий технологический прорыв, благодаря чему земляне смогли путешествовать в космосе и вступили в содружество с инопланетными расами. Не все решили посвятить свою жизнь космосу, вот, например, наш главный герой Робби Ярге — репортёр-фрилансер — живёт и работает на Земле. Вот только что-то в последнее время ему катастрофически не везёт. С

В «Макросс Зеро» рассказывается история пилота истребителя, который участвует в войне за объединение всего человечества, разгоревшуюся после падения инопланетного космического корабля на Землю. Син Кудо — один из пилотов недавно сформированного отряда «Череп», состоящего из новейших машин VF-0. Его истребитель терпит крушение на тропическом острове, где люди живут в тесном содружестве с природой. А тем временем в этих краях разворачивается битва, исход которой должен решить судьбу всей войны.

Понадеявшись на девочек, Амацую Кисараги просчитался. И дабы не проиграть спор, он придумал гениальный план, чтобы собрать оставшиеся заколки. Вот только ему собирается помешать Хосэ, раскусивший его замысел. Сможет ли Дзёро осуществить свой план и выиграть спор?