По всему миру разбросаны следы высокоразвитой доисторической цивилизации. И есть те, кто отчаянно желает узнать о ней больше. История повествует о людях, которые отправились на приключение в поисках истины.

Человечество почти полностью истреблено негуманоидной расой Гауна. Выжившие покинули Землю на кораблях-гигантах «Сидония». Корабли периодически останавливаются для пополнения ресурсов и продолжают путь в поисках нового места обитания. Угроза атак Гауна сохраняется, поэтому учёные разработали специализированное оружие, а военные прошли обучение для его применения. Нагатэ Таникадзэ жил на нижних уровнях одного из кораблей, почти не общаясь с другими людьми. Его опекуном был Хироки Сайто,