Главный герой, Такэру Нарихира, регулярно видит сон, в котором его преследуют чудовища, и его спасает неизвестная девушка. На их 1999-й встрече он обещает, что в следующий раз спасет её сам. После аварии на мотоцикле Такэру попадает в Дэндзи Хэйан-кё, альтернативную версию древней столицы Японии, где историческая застройка сочетается с футуристическими технологиями. В этом городе он находит девушку из своих снов, которую зовут Цукимия, но она не помнит его. Вскоре город накрывает чёрный туман,